在中國，這兩者的認證部門、認證證書不同。心理醫生的資格認證是衛生部的"心理治療師"，以醫療工作者為主要認證對象。
而心理咨詢師的認證部委為勞動部，頒發的證書是"心理咨詢師職業資格證"。
兩者學的不一樣，心理醫生是學醫學出身的，學醫學還分學一般醫學和精神病學，他們專門設置病房治療重性的精神病人，而學精神病學的醫生中還有一部分又學習了心理學，于是這一部分人被稱做心理醫生;而心理咨詢師是學心理學的，從事該行業的人屬于社會服務類人員。
心理醫生主要治療輕度的精神病人和非精神病人但有心理障礙的人。后者主要是解決健康人群的心理問題。
北京國奧心理醫院是由國家衛生行政部門批準的北京首家心理專科醫院。集心理咨詢、心理檢查診斷、特色綜合治療、精神疾病治療及康復等項目于一身，建院12年，是目前國內臨床心理始創時間最久、臨床數據量最大的心理專科醫院之一。
心理醫生有處方權，可以給病人用藥，而心理咨詢師不可用藥。
心理咨詢師做的心理咨詢是一種特殊的助人方式。大多數情況下要觸及人的內心隱私，因而保密是心理咨詢師都應遵守的最基本的工作原則。對咨詢者不愿講的隱私，可以不多過問，只教給他們一些肌肉放松、冥思入靜的方法來滿足他們的要求。
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